PeakSnake/config.yaml

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# globe  
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PEAKSNAKE_HOME: /home/zhxd/workspace/20231225_ChIP_ATAC/PeakSnake
genome: ref/hg38.fa
gtf: ref/genes_longest.gtf 
tss_tes_bed: ref/genes_longest.bed6  
tss_tes_shuffle_bed: ref/genes_shuffle.bed6
seq_type: PE  # 或者 "PE"
peak_type: broad # narrow | broad
# 有效基因组大小, 参考 https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/feature/effectiveGenomeSize.html#effective-genome-size
gsize: 2913022398
# idr: 只支持 2 重复,适合 narrowPeak) ; intersect (2 + 重复 ) ; norep: 没有重复 
peak_selection: norep

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# samples  
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samples:
  Diabetic_hs_rep1:
  Healthy_hs_rep1:

contrasts:
  - Diabetic_hs_vs_Healthy_hs

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# fastp  
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fastp: "--adapter_sequence AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA --adapter_sequence_r2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT --qualified_quality_phred 20 --length_required 50"

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# bowtie2 
# PE 建议设置 --no-mixed --no-discordant, 只保留成对比对
# ATAC-seq 必须设置 --maxins 1000 ~ 2000
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bowtie2_index: ref/genome  # 不设置则从genome.fa 构建
bowtie2: --no-mixed --no-discordant --maxins 1000

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# alignmentSieve 
# blackregion: 黑名单区域 线粒体 叶绿体 大肠杆菌等
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alignmentSieve:
  minMappingQuality: 25
  blacklist: ref/hg38.blacklist.bed
  extra:

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# bam to bw
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bamCoverage: "--binSize 10 --normalizeUsing RPKM"

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# MACS3
# fold: 用于过滤 peaks
# qscore: 用于过滤 peaks
# macs3 callpeak ChIP-seq 一般不需要设置特殊参数
# ATAC-seq 推荐: --nomodel --shift -100 --extsize 200 或 --nomodel --shift -75 --extsize 150
# --SPMR -B 用于生成单碱基的 bdg 文件, 可以转换为 bw 文件,有可视化的需求可以加
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macs3: 
  qscore: 3
  extra: --nomodel --shift -100 --extsize 200 --SPMR -B 

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# replicate intersect 
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intersect:
  min_overlap: 0.5

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# IDR 
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idr:
  idr_threshold: 0.05

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# 提取序列用于 motif 分析
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motif:
  top_n: 1000
  summit_flank: 50
  databases: motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv11_core_HUMAN_mono_meme_format.meme
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# Peank 注释
# 只关注 TSS 附近 用 ChIPseeker
# 否则UROPA 
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uropa:
  do: yes
  feature: ['gene']
  feature_anchor: ['start']
  relative_location:  ['Upstream', 'Downstream', 'OverlapStart', 'OverlapEnd','PeakInsideFeature', 'FeatureInsidePeak']
  distance: [2000, 500]

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# footprinting
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footprint:
  do: yes
  motif: motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv11_core_HUMAN_mono_meme_format.meme

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# diff analysis
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diff_peaks:
  do: yes
  method: edgeR # edgeR | DESeq2
  padj: 0.05
  extra: --dispersion 0.1

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# cross correlation
# ChIP-seq 需要进行, ATAC-seq 不需要 
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cross_correlation:
  do: no
  spp: "-s=0:5:500"