rule fastp:
    input:
        left = config["Raw_Data_Dir"] + "/{sample}_1.fq.gz",
        right = config["Raw_Data_Dir"] + "/{sample}_2.fq.gz"
    output:
        left = config["Data_Dir"] + "/{sample}_1.fq.gz",
        right = config["Data_Dir"] + "/{sample}_2.fq.gz",
        html = config["Data_Dir"] + "/{sample}.fastp.html",
        json = config["Data_Dir"] + "/{sample}.fastp.json"
    log: config["Data_Dir"] + "/{sample}.log"
    shell:
        "fastp -i {input.left} -I {input.right} -o {output.left} -O {output.right} -h {output.html} -j {output.json} 2>{log}"