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# Sample Info
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Data_Dir: Data      # data after filter
SAMPLES_FILE: samples.txt # data after filter

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# Software
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TRINITY_HOME: /share/bioinfo/anaconda3/opt/trinity-2.8.4
EMAPPER_HOME: /share/bioinfo/software/eggnog-mapper-1.0.3

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# Genome, RNA-Seq ref
#############################################
genome: ref/genome.fasta
gtf: ref/genome.gtf

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# Annotation
#############################################
Annotation_Dir: Annotation
Annotation_Input: ref/protein_longest.fasta
data_type: prot #nucl | prot 
diamond_nr_db: /share/bioinfo/database/diamond_db/nr
emapper: ref/out.emapper.annotations
proteins: ref/proteins.fa

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# Mapping
#############################################
Mapping_Dir: Mapping

#############################################
# Quantification
#############################################
Quantification_Dir: Quantification

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# Expression Analysis
#############################################
ExprAnalysis_Dir: ExprAnalysis
pc_num: 3
de_method: DESeq2
de_log2FoldChange: 1
de_padj: 0.05
contrasts: contrasts.txt