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- # Sample Info
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- Data_Dir: Data # data after filter
- SAMPLES_FILE: samples.txt # data after filter
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- # Software
- #############################################
- TRINITY_HOME: /share/bioinfo/anaconda3/opt/trinity-2.8.4
- EMAPPER_HOME: /share/bioinfo/software/eggnog-mapper-1.0.3
- #############################################
- # Genome, RNA-Seq ref
- #############################################
- genome: ref/genome.fasta
- gtf: ref/genome.gtf
- #############################################
- # Annotation
- #############################################
- Annotation_Dir: Annotation
- Annotation_Input: ref/protein_longest.fasta
- data_type: prot #nucl | prot
- diamond_nr_db: /share/bioinfo/database/diamond_db/nr
- emapper: ref/out.emapper.annotations
- proteins: ref/proteins.fa
- #############################################
- # Mapping
- #############################################
- Mapping_Dir: Mapping
- #############################################
- # Quantification
- #############################################
- Quantification_Dir: Quantification
- #############################################
- # Expression Analysis
- #############################################
- ExprAnalysis_Dir: ExprAnalysis
- pc_num: 3
- de_method: DESeq2
- de_log2FoldChange: 1
- de_padj: 0.05
- contrasts: contrasts.txt
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