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- # Sample Info
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- Data_Dir: Data # data after filter
- SAMPLES_FILE: samples.txt # data after filter
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- # Software
- #############################################
- TRINITY_HOME: /share/bioinfo/anaconda3/opt/trinity-2.8.4
- EMAPPER_HOME: /share/bioinfo/software/eggnog-mapper-1.0.3
- #############################################
- # Assembly, RNA-Seq denovo
- #############################################
- Assembly_Dir: Assembly
- trinity_max_memory: 180G
- busco_database: /share/bioinfo/database/busco/eukaryota_odb9
- transcripts: Assembly/corset.fasta # do not change
- gene_trans_map: Assembly/corset-clusters_trans_map.txt # do not change
- diamond_nr_db: /share/bioinfo/database/diamond_db/nr
- #############################################
- # Annotation
- #############################################
- Annotation_Dir: Annotation
- Annotation_Input: Assembly/corset_longest.fasta
- data_type: nucl #nucl | prot
- diamond_nr_db: /share/bioinfo/database/diamond_db/nr
- #############################################
- # Mapping
- #############################################
- Mapping_Dir: Mapping
- #############################################
- # Quantification
- #############################################
- Quantification_Dir: Quantification
- #############################################
- # Expression Analysis
- #############################################
- ExprAnalysis_Dir: ExprAnalysis
- pc_num: 3
- de_method: DESeq2
- de_log2FoldChange: 1
- de_padj: 0.05
- contrasts: contrasts.txt
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