Domů Procházet Nápověda
Přihlásit se
zhxd2
/
RunFeatureCounts
1
0
Rozštěpit 0
Soubory Úkoly 0 Pull Requesty 0 Wiki

Bez popisu

Strom: d517c04fbc
Větve Značky
RunFeatureCount...
zhangxudong d517c04fbc add README před 3 roky
support_scripts f138256959 first commit před 4 roky
README.md d517c04fbc add README před 3 roky
abundance_estimates_to_matrix.pl 71cd505a04 add cpm před 3 roky
run-featurecounts.R 71cd505a04 add cpm před 3 roky

README.md

一.安装

  1. 安装依赖R包 argparser, Rsubread, limma, edgeR

  2. 安装本软件

    git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/RunFeatureCounts.git

二.使用

Rscript ../11.software/RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b ../21.Mapping/BLO_S1_LD1.bam -g ../12.ref/genes.gtf -f exon -a gene_id -i FALSE -s 2 -o BLO_S1_LD1