zhxd2/RunFeatureCounts @ d517c04fbc693e60ea68849af6dbfe50faa2024c

Nincs leírás

1 Ágak

zhangxudong d517c04fbc add README		2 éve
support_scripts	f138256959 first commit	3 éve
README.md	d517c04fbc add README	2 éve
abundance_estimates_to_matrix.pl	71cd505a04 add cpm	2 éve
run-featurecounts.R	71cd505a04 add cpm	2 éve

		
				README.md
			
				一.安装

安装依赖R包 argparser, Rsubread, limma, edgeR
安装本软件

git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/RunFeatureCounts.git

二.使用

Rscript ../11.software/RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b ../21.Mapping/BLO_S1_LD1.bam -g ../12.ref/genes.gtf -f exon -a gene_id -i FALSE -s 2 -o BLO_S1_LD1