zhangxudong 9c9ede5a62 修改参数顺序 | 4 ヶ月 前 | |
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support_scripts | 3 年 前 | |
README.md | 9 ヶ月 前 | |
abundance_estimates_to_matrix.pl | 2 年 前 | |
run-featurecounts.R | 4 ヶ月 前 |
git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/RunFeatureCounts.git
对 GTF 中的 GENE 定量
Rscript RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b ../21.Mapping/BLO_S1_LD1.bam -g ../12.ref/genes.gtf -f exon -a gene_id -i FALSE -s 2 -o BLO_S1_LD1
对 GTF 中的 ISOFORM 定量
Rscript RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b ../21.Mapping/BLO_S1_LD1.bam -g ../12.ref/genes.gtf -f exon -a transcript_id -i FALSE -s 2 -o BLO_S1_LD1
对 SAF 定量
Rscript RunFeatureCounts/run-featurecounts.R -b aligned/FoxA1_E2_rep1_sorted_filtered.bam --saf merged_peaks.saf --isPairedEnd FALSE -o FoxA1_E2_rep1