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@@ -1,29 +1,31 @@
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-# 安装
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+# 一.安装
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-## 安装依赖
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+## 1.1 安装依赖
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1. R
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2. R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler
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-## 安装 emcp
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+## 1.2 安装 emcp
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git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
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```
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-# 使用
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+# 二.使用
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-## 准备输入文件
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+## 2.1 准备输入文件
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输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa
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-## 第一步:在线注释
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+## 2.2 第一步:在线注释
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登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.
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完成后下载 out.emapper.annotations
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-## 第二步:运行 emapperx.R
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+## 2.3 第二步:运行 emapperx.R
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+以测试数据为例
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```
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+cd example_data
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Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa
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```
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