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README.md

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-# 安装
+# 一.安装
 
-## 安装依赖
+## 1.1 安装依赖
 1. R        
 2. R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler       
 
-## 安装 emcp
+## 1.2 安装 emcp
 
 ```
 git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
 ```
 
-# 使用
+# 二.使用
 
-## 准备输入文件
+## 2.1 准备输入文件
 
 输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa        
 
-## 第一步:在线注释
+## 2.2 第一步:在线注释
 登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.          
 完成后下载 out.emapper.annotations     
 
 
-## 第二步:运行 emapperx.R
+## 2.3 第二步:运行 emapperx.R
 
+以测试数据为例
 ```
+cd example_data
 Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa
 ```