README.md

@@ -1 +1,32 @@
-# emcp
+# 安装
+
+## 安装依赖
+1. R        
+2. R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler       
+
+## 安装 emcp
+
+```
+git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
+```
+
+# 使用
+
+## 准备输入文件
+
+输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa        
+
+## 第一步:在线注释
+登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.          
+完成后下载 out.emapper.annotations     
+
+
+## 第二步:运行 emapperx.R
+
+```
+Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa
+```
+
+这一步两个功能:    
+1. 对 emapper 注释结果进行统计绘图      
+2. 构建 OrgDB 用于富集分析等