# 安装

## 安装依赖
1. R        
2. R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler       

## 安装 emcp

```
git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
```

# 使用

## 准备输入文件

输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa        

## 第一步:在线注释
登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.          
完成后下载 out.emapper.annotations     


## 第二步:运行 emapperx.R

```
Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa
```

这一步两个功能:    
1. 对 emapper 注释结果进行统计绘图      
2. 构建 OrgDB 用于富集分析等