emcp

一.安装

1.1 安装依赖

1. R
   
2. R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler
   

1.2 安装 emcp

git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git

二.使用

2.1 准备输入文件

输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa

2.2 第一步:在线注释

登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.
完成后下载 out.emapper.annotations

2.3 第二步:运行 emapperx.R

以测试数据为例

cd example_data
Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa

这一步两个功能:

1. 对 emapper 注释结果进行统计绘图
   
2. 构建 OrgDB 用于富集分析等