Zhang Xudong
23bca60cc5
update
|
%!s(int64=2) %!d(string=hai) anos | |
|---|---|---|
| example_data | %!s(int64=2) %!d(string=hai) anos | |
| README.md | %!s(int64=2) %!d(string=hai) anos | |
| cog_funclass.tab | %!s(int64=3) %!d(string=hai) anos | |
| emapperx.R | %!s(int64=3) %!d(string=hai) anos | |
| install.R | %!s(int64=3) %!d(string=hai) anos | |
| kegg_info.RData | %!s(int64=3) %!d(string=hai) anos |
README.md
一.安装
1.1 安装依赖
- R
- R 包:argparser, tidyverse, formattable, AnnotationForge, seqinr, clusterProfiler
1.2 安装 emcp
git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/emcp.git
二.使用
2.1 准备输入文件
输入文件为蛋白序列, 参考 example_data 目录下的 proteins.fa
2.2 第一步:在线注释
登录 http://eggnog-mapper.embl.de/ 上传蛋白序列, 在线进行蛋白注释.
完成后下载 out.emapper.annotations
2.3 第二步:运行 emapperx.R
以测试数据为例
cd example_data
Rscript ../emapperx.R out.emapper.annotations proteins.fa
这一步两个功能:
- 对 emapper 注释结果进行统计绘图
- 构建 OrgDB 用于富集分析等