small_gene.gff 1.7 KB

123456789101112131415161718192021
  1. ##gff-version 3
  2. scaffold1 scaffold1 scaffold 1 1000 . . . ID=scaffold1
  3. scaffold1 test_gene_001 gene 100 200 . + . ID=test_gene_001;Name=test_gene_001;biotype=protein_coding;Alias=first_test_gene;Dbxref=TEST_DB:test_gene_dbx_001;Ontology_term=SO:0000704;Target=scaffold1 100 200;target_type=supercontig;Gap=test_gap_1;Note=test_gene_001_note
  4. scaffold1 test_mrna_001 mRNA 100 150 . + . ID=test_mrna_001.1;Parent=test_gene_001;Name=test_mrna_001;biotype=protein_coding;AED=0.05
  5. scaffold1 test_protein_001 polypeptide 100 150 . + . ID=test_protein_001.1;Parent=test_mrna_001.1
  6. scaffold1 test_gene_002 gene 300 400 . + . ID=test_gene_002;Name=test_gene_002;biotype=protein_coding;Derives_from=test_gene_001
  7. ##FASTA
  8. >scaffold1
  9. TAGTGTCTTTTTATTGGTTAATGAGTTTCTTTTTTTATAAACAATATTTTGATTTAAAAAAGAACGTAGGACTTAAATGC
  10. AATTTTTTAAATCTACAATTGAGGAGATTTTATGCACAATATTATATTAATTGCAAAAAAAACCCACTTACAAGAATCAC
  11. CCATATTGTTAATGAAATAATTCCATATTATTGGTTTTCAAATTTTATCCCTCCTACGTGTCAAAATAGTGTCTTTTTAT
  12. TGGTTAATGATTTTTTTTGTATAAACAATATCTTTCATTAAAAAAACGTGCGACTGAAATGCAATTATGTTCCACCACAT
  13. ATATCACATATTATTATTAATTTCAAAATAACCCCACTTACCATATTCAGCCATATTATTAATGAATTAATTTCACATTA
  14. TTGATTTTTAAATTTTATCTCTCCTGCATGTCAAAATGACGTCTTTTTATTGGCTATTTAGTTTAGCTTTTTAATCAATT
  15. GCTTCATATTAAAAACGTAAATATATAAATGTACATTCCACTTAATTTGGGTGCCCAATATTATATTAATTGTCAAAAAA
  16. ACCCAATTTTCAAATTTCTTCTATCCTATATGACAAAATAATGTCTTTTTATTGGTTAATGAGTTTTTTTTTTATAAACA
  17. ATATATTGATTGAAAAAGTGTAGGACGTAAATGCATTTTTTTTTTAATTTTACAATTGATTAAATTTTATGCAATATATT
  18. ATACTAATTCCCAAAAAACCCACTTACAAGAATCACCCATATTGTTAATGAAATAATTCAACATTATTGGTTTTCAAATT
  19. TTATCTCTCCTACGTGTCAAAATAGTATCTTTTTATTGGTTAAACAGTTTTATTTTTTTTATAAACAATATTTTCATTAA
  20. AAAAAACGTGGGACTGAAATGCAATTATGTTCCACCATATATATCATATATTATTATTTTTAAAGTAATTTAGATAAATT
  21. AGGTAATTACATCAATTTAAATTAATTACTTATTTGTTAC